La révolte de l'Ionie
La révolte de l'Ionie naîtra de la volonté de Darius Ier de contrôler les sources d'approvisionnement en blé et en bois de construction navale de la Grèce. Appuyé par des contingents grecs ioniens, le souverain s'attaquera dans un premier temps aux Scythes, important royaume situé en Russie méridionale qui entretenait d'intenses relations commerciales avec les Grecs et contrôlait la route du commerce de l'or extrait des monts Oural et de Sibérie. L'armée perse, victime de la stratégie de la terre brûlée menée par les Scythes, échappera au désastre et à l'encerclement grâce à la loyauté du contingent grec, qui gardera le pont sur le Danube (Ister).
Darius annexera la Thrace. Le roi Amyntas Ier de Macédoine reconnaîtra la suzeraineté de la Perse en 513 avant Jésus-Christ. L'île de Samothrace tombera sous le joug perse cinq années plus tard. Athènes sollicitera l'alliance achéménide au cours de la même période.

Les origines de la révolte
Les douze riches cités grecques d'Ionie (Milet, Éphèse, Phocée, Clazomènes, Colophon, Priène, Téos, Chios, Samos, Érythrée, Myonte et Lebedos), ainsi que les cités de l'Éolie situées au nord-ouest de l'Ionie, dont Smyrne, seront vaincues par Harpage, général de Cyrus II, vers 540 avant Jésus-Christ. Milet, épargnée grâce à son traité d'amitié, sera le berceau du soulèvement de 499 avant Jésus-Christ.
L'aspiration à la liberté sera théorisée par Aristagoras de Milet qui rassemblera les cités ioniennes. L'objectif de reprendre Byzance et Chypre aux Perses incitera les Grecs d'Asie à la révolte, qui sera préparée en secret à Naxos et à Milet. Le tyran de cette dernière, Histiée, sera retenu à Suse par Darius. Son gendre Aristagoras, neveu d'un ancien tyran de la ville, dirigera la cité en son absence. Il fera alliance avec les Perses pour reprendre Naxos (500 avant Jésus-Christ), avant de se brouiller avec leur général. Histiée lui demandera alors de se révolter contre Darius.
Les Milésiens se réuniront en conseil pour décider du soulèvement. Hécatée, un prédécesseur d'Hérodote, sera le seul à s'opposer au projet. Aristagoras, qui conduira le soulèvement en 499 avant Jésus-Christ, s'emparera de plusieurs navires perses et phéniciens et proclamera l'égalité des cités ioniennes. Il se rendra en Grèce continentale au cours de l'hiver pour solliciter une aide militaire. Sparte est alors divisée par la rivalité des deux rois Cléomène Ier et Démarate et Athènes se remet à peine des convulsions qui suivront la mise en place des réformes de Clisthène. Cette dernière fournira malgré tout vingt bateaux et Erétrie cinq, par reconnaissance pour Milet qui l'avait jadis aidée contre Chalcis.
Les Perses mettront six ans pour vaincre les Ioniens qui remporteront les premiers combats. La flotte grecque anéantira la flotte phénicienne sur les côtes de Pamphylie, vers 498 avant Jésus-Christ. Charopinos, frère d'Aristagoras, sera appuyé par le contingent athénien pour détourner l'armée perse qui se préparait à assiéger la ville de Milet et ravager Sardes. Le satrape Artaphernês les vaincra à leur retour sur les hauteurs d'Éphèse, au printemps 498 avant Jésus-Christ. Le corps expéditionnaire grec rentrera alors au pays.
Le soulèvement gagnera Chypre à l'automne 498, à l'exception de Kition, ainsi que la Propontide et l'Hellespont jusqu'à Byzance. La Carie se révoltera à son tour. Darius Ier, à la tête de trois armées et d'une flotte nouvelle, écrasera la révolte à Chypre, puis dans les cités de l'Hellespont, au cours de l'année suivante. Les Cariens seront vaincus sur le fleuve Marsyas à l'automne 497, malgré l'aide des Milésiens, puis à Labraunda, au cours de l'été 496 avant Jésus-Christ.
Aristagoras s'enfuira Thrace où il décédera, tandis qu'Histiée deviendra pirate en mer Égée. Il sera tué peu après. Les Cariens infligeront une grave défaite aux Perses au cours de l'automne suivant, à Pédassos.
Les Cariens ne déposeront définitivement les armes qu'en 494 avant Jésus-Christ, à l'issue de longues négociations. Isolée, Milet sera encerclée par les Perses la même année. Une bataille navale opposant environ 350 navires grecs à 600 navires phéniciens, égyptiens et chypriotes se déroulera au large de l'île de Lade durant l'été 494. La flotte grecque sera anéantie et la cité sera rasée peu après. Sa population déportée sur les berges du Tigre, en Mésopotamie. Les Perses soumettront les dernières villes et îles rebelles (Chios, Lesbos et Tenédos) en 493 avant Jésus-Christ, ainsi que les côtes de l'Hellespont et de la Chalcédoine.

Première Guerre Médique
Darius Ier, qui se rappelle de l'aide apportée par Athènes et Erétrie à Milet, préparera une expédition punitive contre la Grèce continentale. Il demandera à son gendre Mardonios de reprendre en main la Macédoine et la Thrace, théoriquement soumises mais privées des garnisons perses qui avaient été évacuées lors de la révolte de l'Ionie. Mardonios rassemblera sa flotte et son armée en Cilicie au printemps de 492 avant Jésus-Christ, franchira l'Hellespont et traversera la Thrace et la Macédoine. La flotte, qui soumettra Thasos, suivra la côte européenne jusque vers Acanthos. Elle perdra la moitié de ses navires au cours d'une violente tempête au moment de doubler le cap du Mont Athos. Une attaque de tribus de Païoiens surprenant le campement perse fera de nombreuses victimes supplémentaires. Mardonios donnera alors l'ordre de la retraite.
L'année 491 avant Jésus-Christ sera consacrée aux préparatifs militaires et diplomatiques d'une offensive perse. De nombreuses cités grecques recevront des ambassadeurs demandant leur soumission. Certaines s'exécuteront, tandis qu'Athènes et Sparte mettront à mort (selon Hérodote) les ambassadeurs perses, sans toutefois anticiper la future offensive.
L'armée perse de 25.000 à 50.000 hommes, dirigée par les généraux Artaphernês (armée de terre) un neveu de Darius et Datis (flotte), traversera directement la mer Égée pour rejoindre l'Eubée et l'Attique, après avoir pris le contrôle de Naxos et Délos. Elle ravagera Carystos, à la pointe méridionale de l'Eubée, qui refusera de se soumettre, puis Erétrie, abandonnée par ses alliés athéniens. Sa population sera déportée à Ardéricca près de Suse.

La bataille de Marathon
L'armée perse, conseillée par l'ancien tyran d'Athènes Hippias, débarquera début septembre 490 sur la plage de Marathon, à environ 42 kilomètres d'Athènes. Les hoplites athéniens (environ 10.000 hommes) seront conduits par le stratège Miltiade. Les Perses décideront d'attaquer Athènes par terre et par mer le 13 septembre. Une partie des troupes perses, y compris la cavalerie, embarquera pour Phalère et atteindre ainsi rapidement l'Acropole. Les autres troupes franchiront le Charadra, petit ruisseau qui traverse la plaine de Marathon, afin de couper la route de l'armée athénienne vers la cité.
Cette dernière, appuyées par leurs alliés de la cité de Platées, attendront les renforts promis par Sparte du haut du Pentélique et du Parnès. Ils décideront d'affronter les Perses dans la plaine de Marathon, avant de regagner Athènes pour la protéger.
Miltiade, l'un des dix stratèges athéniens, connaît la faiblesse de l'armée perse pour avoir combattu à ses cotés lors de l'offensive contre les Scythes. Cette dernière est composée de soldats d'origines différentes, ne parlant pas les mêmes dialectes et n'ayant pas l'habitude de combattre ensemble. L'armement perse, composé de boucliers en osier et de piques courtes, ne permet pas les combats au corps à corps.
Les hoplites grecs, protégés par un casque et une cuirasse sont armés d'une épée et d'une longue lance. Ils combattent en rangs serrés (phalange) en formant une muraille avec leurs boucliers.
Miltiade demandera à Callimaque le Polémarque d'étendre la ligne des soldats grecs, afin de ne pas être submergé par le nombre, et de renforcer les ailes au détriment du centre, afin d'attaquer les flancs de l'armée perse et l'envelopper. Le maillon faible des Perses remontera dans la panique à bord des navires, tandis que le centre des Grecs cèdera. Les troupes grecques disposées sur les ailes prendront alors en tenaille et anéantiront le centre de l'armée perse qui comptera 6.400 tués et noyés. Sept navires de leur flotte seront détruits, tandis que les Athéniens ne perdront environ que 200 citoyens.
Les hoplites grecs parviendront à Athènes environ une heure avant la flotte ennemie qui aura besoin d'une dizaine d'heures pour doubler le cap Sounion et atteindre Phalère. Les Perses, comprenant leur défaite, renonceront à débarquer.
Cette victoire stratégique, symbolique pour les Grecs, conférera un grand prestige à Athènes. Pour les Perses, qui soumettront la plupart des îles de la mer Egée au pouvoir de Darius au cours de cette expédition, cette défaite ne sera qu'un échec mineur que Darius voudra réparer rapidement. Une révolte en Égypte, dirigée par le satrape Aryandès, l'empêchera de repartir en Grèce. Décédé en 486 avant Jésus-Christ, il sera remplacé par son fils Xerxès Ier.

Seconde Guerre Médique
Xerxès, encouragé par les exilés d'Athènes nombreux à sa cour et son oncle Artabane, préparera une expédition punitive contre les Grecs en 480 avant Jésus-Christ. Il réprimera avec une très grande violence les révoltes d'Égypte et de Babylone, avant de planifier, à partir de 484/483 avant Jésus-Christ, l'invasion de la Grèce. Il encouragera Carthage à s'attaquer aux Grecs de Sicile et d'Italie, afin de les priver de leur aide éventuelle. La simultanéité des expéditions de Xerxès et des Carthaginois sur Agrigente et Syracuse, en 480 avant Jésus-Christ, patiemment mise au point.
Les Carthaginois seront vaincus sur terre et sur mer à Himère par Gélon de Syracuse. Ce dernier, qui semble avoir eu des exigences démesurées pour prix de son aide, n'aidera pas les Grecs du continent, tandis que la Locride et surtout la Béotie, avec Thèbes, se rangeront du côté des Perses. Le projet d'invasion choisi sera celui de Mardonios, le fils d'une soeur de Darius Ier, donc un cousin de Xerxès Ier. Le général perse reprendra à son compte le projet d'invasion par la terre, en passant par la Thrace et la côte macédonienne. Il demandera de disposer d'un corps d'armée terrestre très important, ravitaillé par une flotte également chargée d'éviter les contre-attaques de la flotte grecque sur les arrières de l'armée perse.
Les Perses feront creuser un canal de 2.4 kilomètres pour traverser l'Isthme de l'Acté et éviter les fréquentes tempêtes dans la région du mont Athos, tandis que des ponts seront construits sur le Strymon par des détachements d'éclaireurs. Les Phéniciens et les Égyptiens devront construire un double pont de bateaux sur l'Hellespont, depuis Abydos jusqu'à un promontoire situé entre Sestos et Madytos. Le premier pont sera composé de 360 navires et le second de 314, ancrés et liés bord à bord par des cordes. Les cités de Doriscos, Eion et Therma, situées respectivement aux débouchés des vallées fertiles de l'Hèbre, du Strymon et de l'Axios ainsi que Leukè aussi sur l'Hellespont et Tyrodiza, seront sélectionnées pour centraliser l'approvisionnement et assurer la logistique.
Hérodote parlera d'une armée perse composée de plus de 500.000 marins, 1,7 millions de fantassins et environ 80.000 cavaliers. «L'Asie s'est vidée de tous ses mâles» écrira Eschyle dans sa tragédie Les Perses.
Les historiens contemporains retiennent des chiffres de 75.000 à 300.000 soldats perses, 20.000 à 60.000 cavaliers et une flotte composée d'environ 1.200 trières, fournies essentiellement par les Phéniciens, les Égyptiens et les Ioniens
Les effectifs des armées grecques sont estimés à un chiffre compris entre 7.000 et 35.000 hoplites, assistés d'environ 40.000 d'armes plus sommairement équipés. Les Grecs, qui ne possèdent pas de cavalerie, ne disposeront que d'environ 380 trières composées d'environ 150 rameurs, une dizaine d'officiers, une dizaine d'hommes d'équipage et environ 15 soldats.
La flotte perse se rassemblera dans les rades de Phocée et de Kymè, en Ionie, tandis que les troupes terrestres hiverneront à Sardes et à Cristalla, en Cappadoce. L'armée se mettra en ordre de marche au printemps 480 avant Jésus-Christ, à l'arrivée de Xerxès et de ses troupes d'élite. Elle rejoindra Abydos pour franchir les ponts de bateaux. Selon les sources grecques, le pont de droite sera utilisé par les fantassins et les cavaliers, celui de gauche par les valets, esclaves et bêtes de somme. La tradition rapporte que ce passage durera sept jours et sept nuits. L'armée se dirigera ensuite vers Sestos puis Doriscos, où s'opèrera la jonction avec la flotte.
La plupart des cités grecques, rassurée par la victoire athénienne de Marathon, seront secouées par des querelles intestines. Athènes tentera vainement de s'emparer de sa rivale Égine de 487 à 486 avant Jésus-Christ, tandis que Sparte poursuivra sa politique hégémonique dans le Péloponnèse, devenant ainsi la cité la plus puissante de la Grèce. Les démocrates, revenus au pouvoir après Marathon, Xanthippe, le père du futur Périclès, et Aristide, plus modéré et qui possède le soutien de quelques aristocrates s'affronteront.
Thémistocle, nommé archonte en 493/492 avant Jésus-Christ, puis stratège trois ans plus tard, décidera de la construction du port profond et abrité du Pirée, en remplacement de la mauvaise rade de Phalère, et la mise ne chantier d'une grande flotte permanente qui permettra de se protéger contre Égine, qui abrite de nombreux pirates, et de commercer au delà de l'Hellespont ou vers la Grande Grèce (Sicile et sud de l'Italie). Le financement des trières sera assuré par les mines d'argent du Laurion, au sud-est d'Athènes, découvertes en 483 avant Jésus-Christ. Les cent citoyens les plus riches recevront chacun un prêt d'un talent pour construire et armer un navire. Cent talents seront offerts à 50 naucraries (regroupement de citoyens) qui devront construire et entretenir deux trières. Athènes possèdera environ 200 trières prêtes à prendre le large en 480 avant Jésus-Christ.

Bataille des Thermopyles
Les cités grecques se réuniront à Corinthe à la fin de l'automne 481 avant Jésus-Christ. La menace perse favorisera l'alliance entre Athènes et Sparte. La première craint la vengeance des Perses tandis que la seconde apprendra qu'Argos, est contactée par les envoyés de Xerxès. Toutes les grandes cités grecques, à l'exception de Cyrène, Argos, Syracuse, Corcyre et Massalia, enverront des représentants au temple de Poséidon à Corinthe. Sparte, la plus puissante des cités, présidera le congrès qui débouchera sur une réconciliation générale et la création d'une coalition de 31 cités qui s'engageront, par serment, dans une ligue défensive contre les Perses.
Le commandement des troupes sera confié à deux Spartiates, le roi Léonidas Ier pour les fantassins et Eurybiade pour la flotte. Les Grecs, qui tergiversent sur le plan de campagne, ne pourront s'opposer à la conquête de la Thessalie par les troupes perses au printemps 480 avant Jésus-Christ.
Les Grecs mettront en place au mois d'août une position défensive très importante aux Thermopyles (les Portes Chaudes, à cause des sources thermales qui s'y trouvent), région qui commande l'accès à la Béotie et à la Grèce centrale, tandis que les Perses envahissent la Piérie. La flotte grecque mouillera au nord de l'Eubée, en un lieu nommé l'Artémision, afin d'empêcher la flotte perse de contourner cette position.
Les Perses, pour garder le contact avec leur flotte, doivent emprunter la seule route importante qui passe par les Thermopyles, entre le golfe Maliaque et la montagne. Ils devront emprunter un défilé, par endroit large d'une dizaine de mètres, barré par les vestiges d'un mur construit en zigzag. Les nombreux marais constituent un obstacle supplémentaire.
Les troupes de Xerxès feront mouvement vers le sud en quittant la Thessalie. Les fantassins, partis de Therma, arriveront 13 jours plus tard dans la plaine trachinienne, entre la vallée de l'Asopos et la cité d'Anticyre. La flotte perse s'élancera une dizaine de jours plus tard, afin d'arriver en même temps que les troupes terrestres. Eurybiade, devant l'ampleur de la flotte perse, quittera l'Artémision et longera le canal d'Eubée pour occuper l'étranglement de Chalcis. Il laissera ainsi Léonidas à la merci d'un débarquement sur ses arrières. Cette manoeuvre encouragera les Perses à progresser plus au sud que prévu et mouiller au cap Sépias, près d'une côte rocheuse et escarpée, mal protégée et qui empêchent d'amarrer solidement de nombreux navires. Une violente tempête de trois jours va en détruire environ 400 et plusieurs milliers d'hommes seront noyés.
Xerxès, bénéficiant encore de la supériorité numérique, ne pourra plus demander à ses forces navales de convoyer l'armée tout en livrant combat à la flotte grecque. Eurybiade quittera alors Chalcis pour regagner l'Artémision. Il fera demi-tour en constatant la supériorité numérique perse.
Achéménès, l'un des demi-frères de Xerxès et amiral de la flotte perse, détachera une escadre de 200 navires et 40.000 hommes environ pour contourner l'Eubée par la haute mer, tandis que le reste de sa flotte s'installe au mouillage des Aphètes, plus sûr que celui du cap Sépias.
Prévenus de cette manoeuvre qui leur interdit la fuite par le canal de l'Eubée au sud, et du nouveau mouillage, les Grecs lanceront une attaque surprise sur les Ioniens alliés des Perses et couleront une trentaine de navires avant de regagner l'Artémision.
Une nouvelle tempête causera la destruction totale de l'escadre perse envoyée pour contourner l'Eubée.
Les troupes de Léonidas, qui résisteront aux Perses, leur infligeront d'importantes pertes, y compris aux troupes d'élites de Xerxès, les Immortels. Trahi par un certain Éphialtès, fils d'Eurydémos, un citoyen de Malia qui livrera aux Perses le moyen de contourner l'armée grecque par le sentier d'Anopée, Léonidas se sacrifiera avec les 300 hoplites Spartiates, ainsi que 700 soldats des cités de Thèbes et de Thespies. Il laissera aux Grecs le temps d'organiser leur défense et à l'armée de se retirer en bon ordre en résistant héroïquement avant d'être massacrés sur ordre de Xerxès. Cette bataille deviendra le symbole de la résistance grecque à l'envahisseur et de l'esprit de sacrifice des Spartiates. On érigera un mausolée au sommet du Kolonós, théâtre de l'ultime résistance spartiate, sur lequel sera inscrit une phrase du poète Simonide de Céos (556/467 avant Jésus-Christ) : "Passant, va dire à Sparte qu'ici ses fils sont morts pour obéir à ses lois".
Xerxès prendra possession en s'emparant des villes de Béotie. Thèbes ternira sa réputation par une reddition sans gloire. Les Perses, arrivés en Attique, progresseront en direction d'Athènes alors dépourvues de remparts. La population sera évacuée, notamment à Égine, Trézène et Salamine sous l'impulsion de Thémistocle, tandis que les bannis seront rappelés par l'annulation des décrets d'exil pour des raisons politiques. Cimon, le fils de Miltiade et l'un des adversaires de Thémistocle, dépose son ex-voto sur l'Acropole pour bien signifier que le temps de "l'Union Sacrée". Athènes abandonnée de ses habitants à l'exception de quelques centaines d'irréductibles qui souhaitent défendre l'Acropole et qui payeront ce geste de leur vie, sera rasée.
La flotte grecque, au mouillage à l'Artémision lors du déclanchement de la bataille des Thermopyles, devra repousser un assaut de la flotte de Xerxès au cours d'une bataille indécise. Plusieurs dizaines de navires seront perdus. Les chefs grecs décideront unanimement de quitter l'Artémision discrètement dans la nuit. La flotte, dirigée par Eurybiade, empruntera le canal de l'Eubée et naviguera vers le sud.
La défaite des Thermopyles, la soumission de la Béotie et la prise d'Athènes sèmeront le découragement chez les Grecs. Cléombrote Ier, le frère de Léonidas et roi des Spartiates, ne songera qu'à protéger le Péloponnèse par la construction d'un mur vers l'Isthme de Corinthe. La flotte s'installera à Salamine, à la demande de Thémistocle. La défense de l'Isthme de Corinthe et du golfe de Salamine, impliquera l'abandon de l'Attique.

Bataille de Salamine
Thémistocle, qui imposera sa stratégie contre l'avis d'Eurybiade, décidera de combattre dans la rade étroite de Salamine, où les Perses ne pourront pas entreprendre de manoeuvre d'encerclement par les ailes. Cette passe étroite, dans laquelle les navires ennemis se gêneront mutuellement, permettra un abordage ou un éperonnage par les solides trières grecques.
Thémistocle sera également persuadé que l'armée perse, privée de sa flotte, fera demi-tour. Il tiendra les propos suivants, rapportés par Plutarque : "Vous ne parviendrez jamais à arrêter sur terre le flot de cette immense armée. Ce qu'il faut c'est lui couper les vivres en anéantissant sa flotte de transport. Réduite à la famine, elle n'aura plus d'autre choix que de faire demi-tour. C'est votre seule chance de salut".
Eurybiade, soutenu par les Corinthiens, deuxième flotte de la coalition, souhaitera rapprocher les navires grecs des forces terrestres afin d'entreprendre des actions combinées. Le plan de Thémistocle sera soutenu par Egine et Mégare, directement menacées en cas de repli sur l'Isthme de Corinthe.
Thémistocle, selon Plutarque et Hérodote, utilisera la ruse et fera parvenir un message à Xerxès, par l'intermédiaire d'un grec probablement originaire d'Ionie nommé Sicinnos, l'informant du désir de fuite d'une partie des généraux grecs par la passe occidentale de la baie d'Éleusis encore libre.
Une partie de la flotte perse terminera l'encerclement des Grecs et s'emparera de l'îlot de Psyttalie afin de recueillir les équipages perses et achever les Grecs lorsque la bataille éclatera.
La flotte grecque, composée d'environ 380 trières, devra affronter entre 500 et 600 navires perses qui achèveront dans la nuit l'encerclement de l'île de Salamine. Aristide, arrivé d'Égine après avoir traversé les lignes perses, informera Eurybiade et Thémistocle que le blocus est total et que les possibilités de retraite coupées.
L'étroitesse du détroit doit annihiler la supériorité numérique des Perses qui ne pourront aligner plus de navires de front que les Grecs. Ces derniers, qui s'installeront légèrement en deçà du détroit pour attirer les navires perses dans le goulet d'étranglement, ne devront pas trop reculer pour redonner l'avantage de la supériorité numérique à leurs ennemis. Ils devront également éviter un débarquement perse à Salamine, où s'est réfugiés un nombre important d'Athéniens, protégés par un détachement d'hoplites commandés par Aristide.
Peu avant l'aube du 29 septembre 480 avant Jésus-Christ, Xerxès s'installera le trône qu'il s'était fait installé sur les pentes du mont Aegalée qui dominent le détroit, entouré de ses ministres et officiers, ses secrétaires chargés de noter les actions d'éclat et les fautes à châtier, et de sa garde d'Immortels. Les Phéniciens des flottes de Tyr et Sidon, dirigés par les généraux perses Mégabaze et Prexaspe, feront mouvement à droite. Le corps de bataille du centre, dirigé par le demi-frère de Xerxès, le Grand Amiral Achéménès, rassemblera les flottes de Cilicie et de Lycie. L'aile gauche, qui réunira celles d'Ionie, du Pont et de Carie, sera commandée par un prince achéménide, Ariabignès. La reine d'Halicarnasse Artémise Ire, la seule ayant osé conseiller à Xerxès d'éviter le combat, combattra à ses cotés.
Les Perses débuteront le combat par une fausse manoeuvre décrite ainsi par Diodore de Sicile :
"Les navires perses gardèrent leur rang tant qu'ils voguaient au large, mais en s'engageant dans le chenal ils furent obligés de faire sortir de la ligne quelques-uns de leurs navires, ce qui entraîna une grande confusion".
Désorganisés dès le début de la bataille, les Perses devront affronter la flotte grecque parfaitement alignée dans l'étranglement du détroit de Salamine et dans les deux chenaux ménagés par l'îlot de Psyttalie, entre Salamine et l'Attique.
L'aile droite grecque, dirigée par Eurybiade et constituée des navires lacédémoniens, corinthiens et éginètes, reculera provisoirement sous les huées des civils massés sur les rivages de l'île de Salamine. Thémistocle, qui dirige le reste de la flotte constituée au centre des navires de Mégare, Chalcis, dispose sur l'aile gauche une flotte homogène d'environ 120 trières athéniennes opposées à de vieux Phéniciens. Hérodote racontera ainsi le déclenchement de cette bataille :
- "L'Athénien Aminias de Pallène, voguant en dehors de la ligne, heurta un vaisseau perse et ne put se dégager. Le reste de la flotte se portant à son secours, la mêlée commença. Mais, d'autre part, les Eginètes prétendent que ce fut le vaisseau envoyé à Égine qui engagea la lutte".
Les Athéniens et Eginètes seront les plus ardents des Grecs lors de la bataille. Les Grecs d'Ionie, surveillés par Xerxès Ier réputé pour sa sévérité dans la répression des lâches ou des incapables, se battront avec acharnement aux cotés des Perses. Des marins de Samos comme Théomestor ou comme Phylacos, le fils d'Histiée, couleront plusieurs navires grecs et recevront de nombreuses récompenses de Xerxès.
La combativité des Grecs d'Ionie et des Phéniciens face à Thémistocle, sur l'aile gauche, ne suffira pas à compenser l'erreur initiale des navires perses qui présenteront, pour nombre d'entre eux, le flanc au lieu de la proue au cours d'affrontements à l'éperon. Une brise marine, qui ne gênera pas les navires grecs dont les superstructures sont peu élevées, désavantagera alors nettement les bateaux phéniciens dont la poupe est haute et le tillac surélevé.
Le désastre perses sera consommé lorsque la flotte de Xerxès perdra son commandant en chef Ariabignès, le frère de Xerxès Ier, tué par un javelot en montant à l'abordage d'une trière grecque. Son corps sera repêché par la reine Artémise d'Halicarnasse, qui le portera à Xerxès. La souveraine n'hésitera pas, pour se dégager, à couler le navire de Damasithymos, roi de Calynda en Lycie. Xerxès, convaincu qu'elle avait couler un navire grec, dira alors : "Mes hommes sont devenus des femmes et mes femmes des hommes".
Le reflux des bateaux perses s'effectuera dans le désordre le plus complet à la fin de la journée, à l'issue d'une bataille de douze heures. Aristide, à la tête d'un détachement d'hoplites, débarquera sur l'îlot de Psyttalie et anéantira les troupes que Xerxès en poste depuis la nuit précédente. Les Athéniens s'empareront dans la soirée du trône de Xerxès, que l'on installera des années dans le Parthénon.
La flotte perse, démoralisée par ce désastre, se réfugiera à Phalère, sous la protection de l'armée de terre. Les navires égyptiens, qui avaient contourné l'île de Salamine par le sud pour bloquer l'entrée ouest du détroit, rentreront sans être inquiétés.

Les lendemains de Salamine
La situation après la défaite de Salamine ne sera pas pour autant désespérée pour les Perses. Leur armée de terre sortira intacte du conflit, si l'on excepte les faibles troupes massacrées sur l'îlot de Psyttalie par les hoplites d'Aristide. La flotte perse, en dépit de ses pertes, restera supérieure en tonnage à celle des Grecs et les ressources de l'empire permettent la construction de nombreux navires. Pour les Grecs, la destruction des chantiers de l'Attique sera une perte irremplaçable.
Xerxès Ier, qui laissera le commandement de son armée à Mardonios, son beau-frère, après la bataille, retournera vers ses capitales Suse et Persépolis. Il sauvera les apparences en disant que son principal objectif, à savoir la destruction d'Athènes, avait été atteint. sera une perte irremplaçable.
Les vainqueurs, surpris par l'inaction des Perses, ne semblent pas comprendre l'ampleur de leur succès et ne tentent pas de couper la route de l'Asie à Xerxès en traversant l'Égée.

Bataille de Platées
Mardonios déclarera, après Salamine : "Les Chypriotes, les hommes de Phénicie, de Cnide et d'Égypte, seuls étaient vaincus, non les Perses qui n'ont pu combattre". Estimant impossible la poursuite des opérations à l'approche de la mauvaise saison, le général perses prendra ses quartiers d'hiver en Thessalie. Il tentera de faire alliance avec les Athéniens et enverra ambassade dans la capitale attique, conduite par un prince de Macédoine, Alexandre. Inquiets les Spartiates enverront également une ambassade afin de contrer l'argumentation des Perses. Elle est reçue fraîchement par des Athéniens furieux qu'on mette en cause leur détermination. Ils diront alors que "le fait d'être Grec, de partager le même sang et la même langue, d'avoir des sanctuaires et des sacrifices communs ainsi que des moeurs semblables" leur interdit la trahison.
< Mardonios envahira de nouveau l'Attique, une fois de plus évacuée par ses habitants. Il réoccupera Athènes et s'installera en Béotie. Une coalition des forces du Péloponnèse constituée au printemps 479 avant Jésus-Christ, dirigée par Pausanias, régent de Sparte et neveu de Léonidas Ier, réunira les troupes de Sparte, sans doute 10.000 hoplites et environ 35.000 supplétifs, 8.000 Athéniens et quelques milliers d'hommes venant des autres cités de Grèce, tel Corinthe, Épidaure, Mégare, Platée, Trézène, Chalcis, Phliunthe et Égine. L'armée grecque, d'environ 110.000 hommes (trois fois moins que les Perses), franchira l'Isthme de Corinthe et arrivera prés d'Éleusis afin de passer en Béotie. Mardonios choisira un emplacement, au sud de Thèbes près de Platée, qui doit favoriser sa cavalerie. En face les Spartiates tiennent l'aile droite et les athéniens l'aile gauche.
Pausanias, dans un premier temps prendra position sur les contreforts du mont Cythère, tandis que Mardonios installera son camp fortifié sur l'autre rive du fleuve Asopus. Une attaque de la cavalerie perse sur les positions grecques échouera. Mardonios fera ensuite harceler les lignes de ravitaillement de ses adversaires et les points d'eau.
Pausanias s'installe alors dans la plaine protégée par un petit massif de collines qui empêche une attaque frontale des cavaliers ennemis. Le manque d'eau et de vivres le contraindra à se retirer en pleine nuit, dix jours plus tard, vers une position plus proche des ses anciennes lignes et mieux ravitaillée., où le ravitaillement est plus facile.
Mardonios, pensant que la désorganisation des Grecs est propice à un assaut, s'engagera dans la bataille le 27 août 479 avant Jésus-Christ L'attaque se heurtera à une farouche résistance surtout des Spartiates qui, bien que coupés du reste de l'armée, occupent une position de surplomb les protégeant de la cavalerie adverse. Mardonios périra au cours de ces affrontements. La mort de leur chef, l'assaut contre leur camp retranché et l'arrivée des unités grecques qui venaient de vaincre les Béotiens, alliés aux Perses, entraîneront la défaite des troupes de Xerxès Ier et leur massacre en grand nombre. Peu de soldats perses parviendront à rejoindre le corps de l'armée perse dirigé par Artabaze, en conflit avec Mardonios et qui faisait demi-tour vers l'Hellespont avec environ 40.000 hommes.
Les chefs de Thèbes, qui avaient collaboré avec les Perses, seront exécutés.

Le cap Mycale
La victoire grecque sera parachevée par la victoire navale de Mycale, à l'automne 479 avant Jésus-Christ. Les navires de la flotte perse non détruits à Salamine et tirés à terre près du cap Mycale, seront incendiés au cours d'une attaque menée par les Grecs. Les Grecs, en particulier les Athéniens conduits par le stratège Cimon, se lanceront alors à la conquête des positions Perses en Chéronèse, sur l'Hellespont et dans les îles de la mer Égée. La prise de Sestos en 478 avant Jésus-Christ, ville d'où Xerxès Ier était parti à la conquête de la Grèce trois ans plus tôt, sera le symbole de la nouvelle domination grecque sur la région. La Paix de Callis, officiellement signée qu'en 449 avant Jésus-Christ, inaugurera la période la plus glorieuse de la Grèce antique en particulier pour Athènes.
L'invasion de l'empire perse par Alexandre sera présentée par celui-ci comme une revanche des Grecs un siècle et demi après la fin des guerres médiques.